専修大学サッカー部は、1961(昭和36)年に同好会として創立され、翌年東京都大学蹴球連盟に加盟。関東リーグ7部から活動を開始しました。紆余曲折を経て1976年に関東大学2部リーグへ初めて昇格。6年間2部リーグで活躍しましたが、1982年リーグ7位となり、東都リーグの入替戦で学芸大学に敗れ、東都大学リーグへ降格となりました。
1985年再びチャンスが訪れ、立正大学に勝利し2部復帰を果たしましたが、翌1986年の入替戦では慶應大学に敗れ、再び東都大学リーグへ降格。同年のリーグ戦では4位に留まりましたが、関東大学大会にて優勝を果たし、入替戦で成蹊大学に勝利。再び2部リーグの地を踏むことになりました。

1990(平成2年)から5年は苦戦を強いられたものの、チームとしての基盤作りにはかかせない時期となりました。1994年には創部以来、初の天皇杯本戦に出場。専修大学からは応援バスが何台も連ねて、学校をあげての懸命な応援が繰り広げられました。浦和レッズと対戦し、敗れはしたものの超満員の観客を沸かし、この経験がサッカー部にとって大きな糧となりました。

翌年、関東大学2部リーグで初優勝。念願の1部に挑戦する機会を得ましたが、1部昇格を果たすことができず。東都リーグに降格した1999年には再び天皇杯本戦に出場。格上の相手を撃破し、3回戦では清水エスパルスと対戦。一時は同点に追いついたものの、最後は1-2という僅差で敗れはしましたが、観衆に専修大学の名を轟かせることになりました。

2003年、東都リーグ3位となり関東大会への出場権を得ました。1回戦の中央学院大学を皮切りに、 2回戦早稲田大学、そして決勝では拓殖大学を破り、見事6年ぶりとなる関東2部リーグ復帰を決めました。それから2年後の2005年、早くも1部昇格のチャンスが巡ってきました。勝利なら1部昇格、引き分け以下なら残留という状況のリーグ戦最終節、ロスタイムに勝ち越し、劇的な昇格劇、初の関東1部リーグ昇格。リーグ12チーム制になってからの価値ある昇格となりました。

2006年、初めて経験する1部リーグは、非情にも厳しい現実を突きつけられました。3勝15敗5分、最下位でわずか1年での降格。しかし、そこから見事返り咲きに成功しました。翌年2007年は2部リーグで準優勝。有言実行で1年で1部に復帰を果たしました。
その後、2008年には創部以来の最高位、関東1部リーグ6位でシーズンを終えることが出来ました。